Smalbladet vandpest er en flerårig vandplante. Den har forgrenede, runde og spinkle stængler, der kan blive flere meter lange, men som typisk er 0,3-1 meter lange. På stænglen sidder bladene i 3-5-tallige kranse. Bladene er 6-35 mm lange, 0,8-3,0 mm brede og spidse med en bleggrøn farve. Blomsterne er 3-tallige med hvidlige-lysviolette kronblade, der sidder for enden af en lang (op til 30 cm) og stilklignende frugtknude. Stænglen er oftest rodfæstet til søbunden, men kan også klare sig løsrevet og frit flydende.